Matthias Marxer absolvierte das Studium der Rechtswissenschaften an der Universität Bern und promovierte in der Folge am Institut für Wirtschaftsrecht an der Universität Bern. In seiner Dissertation widmete er sich der rechtlichen Stellung von Verwaltungsräten in Konzernuntergesellschaften. Darüber hinaus schloss er ein postgraduales Masterstudium im Gesellschafts-, Stiftungs- und Trustrecht (LL.M.) an der Universität Liechtenstein ab. Matthias Marxer ist Verfasser von verschiedenen wissenschaftlichen Publikationen und war zudem in der Lehre tätig.
Neben Tätigkeiten im universitären und verwaltungsrechtlichen Umfeld ging er einer mehrjährigen Tätigkeit in renommierten Anwaltskanzleien nach. Matthias Marxer ist seit mehreren Jahren in der Finanzbranche tätig und arbeitete vor seinem Eintritt bei der BDO für ein liechtensteinisches Finanzinstitut als Legal Counsel.